Trần Chung Ngọc sinh năm 1931 tại Hà Nội, Trần Chung Ngọc tham gia quân ngũ từ năm 1952 đến năm 1956 rồi quy y cửa Phật tại Chùa Văn Thánh, Sài Gòn với pháp danh Phúc Lâm. Đến năm 1962 thì theo học tại trường Đại học Khoa học Sài Gòn. Sau thời gian tái ngũ Quân lực Việt Nam Cộng hòa từ năm 1962 – 1965, Trần Chung Ngọc quay về giảng dạy tại Đại học Khoa học Sài Gòn rồi được cử đi Hoa Kỳ học tiến sĩ vật lý tại Đại học Wisconsin - Madison. Tốt nghiệp năm 1972, ông trở lại Việt Nam giảng dạy đến năm 1975 thì di cư sang Hoa Kỳ làm nghiên cứu sinh sau tiến sĩ trong vòng 2 năm cho Đại học Wisconsin-Madison, rồi làm ở phòng nghiên cứu vật lý của trường này cho đến khi về hưu năm 1996.[2][3]

Trần Chung Ngọc nghỉ hưu từ năm 1996 và bắt đầu nghiên cứu, viết bài về các chủ đề lịch sử, chính trị và tôn giáo. Các bài viết của ông được đăng trên trang Giao điểm và Sách hiếm.

Trần Chung Ngọc mất lúc 11 giờ ngày 29 tháng 1 năm 2014 tại Illinois, Hoa Kỳ do một cơn đau tim.